La selección de especies forestales sigue siendo objeto de polémica entre los propios profesionales, científicos, naturalistas y grupos ecologistas, quienes difieren en la elección de alternativas apropiadas para la reforestación de La Paz.
Existen muchas críticas por el uso masivo de especies del género Pinus frente al de especies frondosas, así como por la inclusión de variedades exóticas meramente productoras, como Eucalyptus sp, Pinus radiata y otras.
El biólogo Luis Ceballos sostuvo que muchas especies que actualmente son usadas para reforestar las laderas de la urbe paceña no son las más apropiadas, ya que algunas que fueron introducidas son perjudiciales y que no se toman en cuenta en cantidad suficiente las especies nativas en peligro de extinción.
Explicó que se necesitaría acelerar procesos naturales de sucesión ecológica, introducir especies diferentes, como las frondosas y capa de bajo bosque, algo que ocurriría de manera natural con el tiempo.