Los escasos avances en el juzgamiento de los delitos de lesa humanidad por abusos cometidos en el pasado, lejano o reciente, de los Gobiernos de América Latina es casi una constante en el informe que HRW ha elaborado para América Latina. Salvo las excepciones de Argentina, Chile o Ecuador donde la organización reconoce progresos a la hora de juzgar las violaciones cometidas durante sus respectivas dictaduras, la institución es muy crítica en los casos de Guatemala, debido sobre todo a la anulación de la condena al exjefe del Estado Efraín Ríos Mont, Honduras, se critican los escasos "juzgamientos por el uso excesivo de la fuerza y los asesinatos", tras el golpe de Estado de 2009, o Perú, donde se denuncia "las extensas demoras de la investigación judicial" y una cierta negligencia a la hora de destinar "suficiente personal y recursos".
En el caso de México, HRW hace constar los escasos esfuerzos por parte del nuevo Gobierno de Enrique Peña Nieto para investigar, perseguir y juzgar los casos de asesinatos, desapariciones forzadas y torturas perpetrados por militares y las fuerzas de seguridad durante la guerra contra el narcotráfico del sexenio de Felipe Calderón. "El Gobierno de Peña Nieta ha demostrado a lo largo de este año que el tema de los derechos humanos no es prioritario", ha sostenido Vivanco. El informe denuncia el peligro de impunidad para los abusos militares que se puede derivar del hecho que este tipo de delitos “sean juzgados por el sistema de justicia militar que carece de independencia y transparencia”.
En este sentido, el informe es muy crítico en el caso de Colombia, donde se denuncia el rechazo del Gobierno a reconocer en los tribunales internacionales, en este caso la Corte Interamericana de Derechos Humanos, la participación de las fuerzas militares en el caso de los falsos positivos. HRW alerta sobre el peligro que entraña el Marco Jurídico para la Paz, aprobado en 2012, y que prevé de un sistema de justicia transicional para favorecer el proceso de paz con las FARC. La organización alerta de que esta medida "abre la puerta a la impunidad generalizada por atrocidades cometidas por guerrilleros, paramilitares y militares en el caso de que se alcance un acuerdo con las FARC", de acuerdo con el documento. "El precio por la paz no puede ser la impunidad total, no estamos en los 80", ha advertido Vivanco. "Eso supondría un retroceso para Colombia”. El presidente colombiano, Juan Manuel Santos, ha defendido el mecanismo de justicia transicional en foros internacionales como Naciones Unidas o la OEA.
Sin abandonar el marco de violencia generado por el conflicto armado en Colombia y sus consecuencias, el informe llama la atención sobre los abusos contra civiles cometidos durante el proceso de paz por parte de las FARC y del ELN, sobre la presencia de organizaciones de paramilitares que siguen activas y, en concreto, muestra su preocupación por los problemas en la aplicación de la Ley de Víctimas, denunciando las amenazas y violencias que sufren numerosos desplazados que han iniciado el proceso de reclamación de tierras.