La ampliación de plantaciones de coca, la tala ilegal, los chaqueos, la pérdida del hábitat de especies de fauna y flora, la explotación minera y de hidrocarburos se constituyen en factores de riesgo para los parques nacionales del país.
El director del Territorio Indígena y Parque Nacional Isiboro Sécure, Diego Vidal, explicó que el área está habitada por alrededor de 7.000 indígenas de los pueblos mojeño trinitario, yuracaré y chiman, distribuidos en 69 comunidades.
Por otro lado, el biólogo y ornitólogo José Antonio Balderrama informó que en las tres áreas protegidas existen al menos 1.388 especies de aves. El mayor reservorio está en el Parque Nacional Carrasco con cerca de 700 variedades. Después están el Isiboro Sécure con 470 y el Parque Nacional Tunari con 218.
