Las aguas de la laguna Alalay están altamente contaminadas, ya que presentan elementos químicos como: nitrógeno, fósforo, dióxido de carbono y sulfuro de hidrógeno, considerado un gas tóxico que habría ocasionado la muerte de centenares de peces y aves.
Estos resultados de laboratorio de las pruebas que realizó el Viceministerio de Medio Ambiente sostienen que las aguas de la laguna se encuentran contaminadas por la presencia de materia orgánica y partículas químicas. La producción de sulfuro de hidrógeno alcanza valores máximos de 0.19 milígramos por litro, para la vida acuática debería ser de 0.1%.
Mientras las autoridades deslindan responsabilidades, en algunos lugares de la laguna continúan muriendo los peces así como patos negros silvestres que llegaron hasta orillas del lugar en el intento desesperado de salvar sus vidas.