El departamento de Santa Cruz es sometido a un constante proceso de deforestación de bosques, ya sea por desmontes o por incendios forestales, por la contaminación, uso inadecuado de agroquímicos, caza, pesca indiscriminada y usos no sostenibles de los recursos.
Según datos recogidos de diferentes informes, se determina que el incremento de la deforestación se debió también a la ampliación de la frontera agrícola con el Proyecto Tierras Bajas del Este primero y luego por capitales privados de empresarios extranjeros.