Al final de la cinta, cuando las revueltas invaden las calles de Gotham, aparece la famosa escena en la que Bruce Wayne pierde a sus padres. Esto ha generado mucha controversia, ya que los fans han elaborado teorías en torno a la identidad del asesino. Ahora, el guion de Joker se ha publicado en internet y se puede leer claramente que el hombre que mata a Thomas y Martha Wayne es uno de los “punk” que llevan máscaras de payasos en las escenas finales. El guion no incluye ningún nombre y permanece en el anonimato.
ComicBook sostenía que, probablemente, el nombre del asesino sería Joe Chill, como ya ha aparecido en numerosas ocasiones en cómics y otros formatos. Es famoso por haber matado a los padres de Bruce Wayne y, por lo tanto, haber creado a Batman de manera indirecta. Otra teoría que recoge dicho medio es que podría tratarse de Jack Napier.