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La Federación llegó a los 95 años golpeada por la divergencia entre Rodríguez y Blanco. De nuevo la entidad deportiva está envuelta en una crisis. En 2015, durante el segundo mandato de Carlos Chávez Landivar (+), la institucionalidad quedó en riesgo con la aprehensión de Chávez y Alberto Lozada (exsecretario General) bajo los cargos de organización criminal, legitimación de ganancias ilícitas, estafa agravada, uso indebido de influencias y beneficios en razón del cargo. La investigación del Ministerio Público llegó a Jorge Justiniano (exvicepresidente), Pedro Zambrano (expresidente de la Asociación Nacional de Fútbol), Pablo Salomón (expresidente de la Asociación Cruceña de Fútbol), Armando Canedo (Jefe de Contabilidad de la FBF) y Mauricio Méndez (expresidente de la Liga). El dirigente Marco Ortega (Real Potosí) tomó el mando de manera interina (2015-2016); Rolando López (Wilstermann) ganó las elecciones (2016-2017), pero no completó su gestión por una renunciar para atender temas extra futbolísticos. Luego vinieron los interinatos de Marco Peredo (Blooming) y Carlos Ribera (Oriente Petrolero) entre 2017 y 2018.
En abril de 2018, Salinas llegó a la presidencia como ganador de las elecciones. La tranquilidad duró dos años. El dirigente de The Strongest fue víctima del Covid-19 que deterioró su salud.
