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Fue su mayor éxito, lo cosechó en la Copa Sudamericana 2004. Bolívar alcanzó la final en la que enfrentó al poderoso y multicampeón internacional Boca Juniors. En el partido de ida le perdonó la vida y le ganó el 8 de diciembre en el Siles con un escueto 1 a 0 con gol de Horacio Chiorazzo. En la vuelta, el 17 de diciembre en una Bombonera desbordada de pasión y llena hasta la bandera, perdió por 2 a 0. Ningún bolivarista olvida este momento, fue el mejor de la Academia a nivel internacional por superior a otras copas internacionales donde dio alegrías.
En 2014, dirigidos por Xabier Azkargorta, Bolívar alcanzó la semifinal de la Copa Libertadores, otro año exitoso, pero cortado por San Lorenzo, rival que lo eliminó. Desde ahí, Bolívar apunta a llegar más lejos.
