El Concejo de Ministros de Chile, desechando la opinión contraria del presidente Aníbal Pinto, acordó enviar al norte, es decir a Antofagasta, el Cochrane y la corbeta O’Higgins cuyo arribo al puerto había tenido lugar en la madrugada, viniendo ambos a toda máquina desde Taltal. A las ocho de la mañana del 14 de febrero de 1879, se vio desprenderse del Cochrane, un bote con algunos tripulantes, en él venía el emisario, y casi simultáneamente, se procede al desembarco de dos compañías, una de artillería de marina y otra de tierra, a cargo del coronel Emilio Sotomayor y mandada ambas, por el capitán Exequiel Fuentes, el mismo día señalado para la subasta pública de las pertenencias de la Compañía de Salitres, Chile ocupaba militarmente el puerto boliviano de Antofagasta. El jefe de la escuadra chilena, coronel Emilio Sotomayor, en oficio dirigido al Prefecto boliviano en Antofagasta, coronel de ejército Severino Zapata, le expresaba: “Considerando el gobierno de Chile roto por parte de Bolivia el Tratado de 1874, me ordena tomar posesión con las fuerzas a mi mando del territorio comprendido en el grado 23”.
El Prefecto Severino Zapata, protesta enérgicamente en estos términos: “Prefectura del Departamento de Cobija. Antofagasta, febrero 14 de 1879. Señor mandado por mi gobierno, sólo podré salir a la fuerza. Puede usted emplear ésta, que encontrará ciudadanos de Bolivia desarmados, pero dispuestos al sacrificio y al martirio. No hay fuerzas con qué poder contrarrestar a tres vapores blindados de Chile: pero, no abandonaremos este puerto, sino cuando se consuma la invasión armada.
“Desde ahora, y para cuando haya motivo protesto a nombre de Bolivia y de mi Gobierno contra el incalificable atentado que se realiza.
Dios guarde a UD.– (Fdo.) Severino Zapata”.
El prefecto Zapata luego de protestar y ante la evidente inferioridad numérica boliviana, ya que sólo tenía a sus órdenes algo más de 40 policías y Sotomayor había desembarcado con 300 hombre, abandonó el edificio y buscó seguridad en el consulado peruano.
La población antofagastina predominantemente chilena, celebró con entusiasmo el arribo de los buques chilenos, desplazando luego, el escudo boliviano. Dos días después eran ocupados sin ofrecer resistencia alguna Caracoles y Mejillones, puertos también bolivianos.
El 23 de marzo, Calama, donde 135 bolivianos comandados por Eduardo Abaroa oponen resistencia al ataque chileno, muriendo en la acción el héroe de Topáter.
En la ciudad de La Paz al conocerse la ocu-pación de Antofagasta y otros puertos, el presidente Hilarión Daza esperó a que pasaran las fiestas del carnaval para dar a conocer la ocupación de los puertos bolivianos, así el 26 de febrero leyó una proclama que decía: “El 14 de los corrientes, dos vapores de guerra chilenos con 800 hombres de desem-barco y apoyados por un considerable número de gentes depravadas por la miseria y el vicio, asesinos de cuchillo corvo se han apoderado de nuestros indefensos puertos de Antofagasta y Mejillones por sorpresa”.
Una vez tomada Antofagasta sin resistencia alguna los chilenos tomaron Mejillones, Cobija y Tocopilla hasta el 21 de marzo de 1879. Antofagasta inmediata-mente fue convertido en el centro de operaciones militares para futuras acciones a tomar.